На современной территории Плесецкой епархии некогда существовало несколько десятков монастырей и пустынь. На данный момент известны 26 утраченных обителей:
Виноградовский район:
Благовещенская пустынь
Клоновский монастырь
Моржегорский монастырь
Троицкий монастырь на реке Тулгас
Каргопольский район:
Воскресенская пустынь
Веретьевская пустынь
Казаринова пустынь.
Лебяжья пустынь
Наглимозерская пустынь
Никольский женский монастырь
Ошевнев-Кириллов монастырь
Святодухов монастырь
Строкина пустынь
Спасо-Озерская пустынь
Успенский Каргопольский монастырь
Хергозерская пустынь
Челмогорская пустынь
Чермозерская пустынь
Онежский район:
Крестный монастырь
Сырьинский монастырь
Плесецкий район:
Емецкая пустынь
Кенская пустынь
Котлозерская пустынь
Шелековская пустынь
Ямецкая пустынь