Миссионерский отдел был учрежден 10 июня 2017 года на Епархиальном собрании Плесецкой епархии. Также на собрании были выбраны сотрудники отдела, в задачу которых было поручено организовать миссионерское служение на территории вновь образованной епархии.

В связи с нехваткой духовенства (на всю епархию не более 20 священников) и активных прихожан (готовых пройти специализированное обучение для несения трудов приходского  миссионера), создать полноценную епархиальную структуру миссионерского служения не представляется возможным. Функции миссионерского служения полностью возложены на благочинных округов и настоятелей приходов.

Сотрудники епархиального Миссионерского отдела проводят мониторинг развития миссионерской деятельности на территории Плесецкой епархии и оказывают методическую помощь приходским священникам. Периодически совершают поездки по приходам епархии и проведения мероприятий миссионерской направленности.

На епархиальном совете 30 августа 2019 года епископ Плесецкий и Каргопольский Александр благословил учредить департамент по перемещению святынь при миссионерском епархиальном отделе отвечающим за встречу и перемещением по приходам святынь, которые будут посещать Плесецкую епархию.